Новая техника секвенирования ДНК может помочь распутать генетическое разнообразие раковых опухолей |

Новая техника секвенирования ДНК может помочь распутать генетическое разнообразие раковых опухолей

Способность упорядочить геном опухоли произвела революцию в лечении рака за последние 15 лет, выявив причины возникновения рака на молекулярном уровне. Но понимание генетического разнообразия отдельных клеток в опухоли и того, как это может повлиять на прогрессирование заболевания, оставалось проблемой из-за существующих ограничений секвенирования генома.

Используя метод секвенирования отдельных клеток на основе микрофлюидных капель, исследователи USC одновременно секвенировали геномы почти 1500 отдельных клеток , обнаруживая генетическое разнообразие, ранее скрытое в хорошо изученной клеточной линии меланомы.

Исследование, только что опубликованное в Nature Communications Biology , демонстрирует способность секвенирования отдельных клеток выявлять возможные эволюционные траектории раковых клеток.

«Мы использовали этот подход для изучения стандартной линии раковых клеток, которую тысячи раз исследовали в разных лабораториях», – сказал доктор философии Дэвид Крейг, один из директоров Института трансляционной геномики при Школе медицины Кека при Университете США. Автор исследования. «Что было действительно удивительным, так это то, что с помощью этой технологии мы обнаружили сложность, которую не ожидали. Эта линия фактически стала смесью различных типов ячеек. Пересматривая десятилетия предыдущей работы над этой линией – теперь с этой новой информацией – у нас есть новые понимание эволюции опухоли “.

Получение высокого разрешения вид сложности рака

В настоящее время генетическая информация о опухоли обычно получается путем секвенирования миллионов опухолевых клеток вместе, а не по отдельности. Хотя этот метод предлагает широкий взгляд на генетический состав ткани, он может пропустить небольшие популяции раковых клеток в опухоли, которые отличаются от большинства клеток.

При других подходах, которые анализируют ДНК отдельных клеток, этот процесс является трудоемким, требуя недели для обработки всего нескольких клеток и требуя ресурсов, которых нет в большинстве лабораторий.

Для этого исследования исследователи использовали новую методику, называемую «профилирование числа копий в одной ячейке». разработанный 10X Genomics с новыми методами анализа, которые объединили эти результаты с результатами исторических методов.

«Вместо того, чтобы анализировать тканевую ДНК, которая составляет в среднем тысячи клеток, мы проанализировали индивидуальную ДНК из почти 1500 клеток в одном эксперименте», – сказал д-р Энрике Веласкес-Вильярреал, ведущий автор и доцент кафедры трансляционной геномики в школе Keck. медицины в ОСК. «Изучая рак в этом более высоком разрешении, мы можем обнаружить информацию, которую пропускает массовое секвенирование в более низком разрешении».

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *