[:ru]Способность упорядочить геном опухоли произвела революцию в лечении рака за последние 15 лет, выявив причины возникновения рака на молекулярном уровне. Но понимание генетического разнообразия отдельных клеток в опухоли и того, как это может повлиять на прогрессирование заболевания, оставалось проблемой из-за существующих ограничений секвенирования генома.
Используя метод секвенирования отдельных клеток на основе микрофлюидных капель, исследователи USC одновременно секвенировали геномы почти 1500 отдельных клеток , обнаруживая генетическое разнообразие, ранее скрытое в хорошо изученной клеточной линии меланомы.
Исследование, только что опубликованное в Nature Communications Biology , демонстрирует способность секвенирования отдельных клеток выявлять возможные эволюционные траектории раковых клеток.
«Мы использовали этот подход для изучения стандартной линии раковых клеток, которую тысячи раз исследовали в разных лабораториях», — сказал доктор философии Дэвид Крейг, один из директоров Института трансляционной геномики при Школе медицины Кека при Университете США. Автор исследования. «Что было действительно удивительным, так это то, что с помощью этой технологии мы обнаружили сложность, которую не ожидали. Эта линия фактически стала смесью различных типов ячеек. Пересматривая десятилетия предыдущей работы над этой линией — теперь с этой новой информацией — у нас есть новые понимание эволюции опухоли «.
Получение высокого разрешения вид сложности рака
В настоящее время генетическая информация о опухоли обычно получается путем секвенирования миллионов опухолевых клеток вместе, а не по отдельности. Хотя этот метод предлагает широкий взгляд на генетический состав ткани, он может пропустить небольшие популяции раковых клеток в опухоли, которые отличаются от большинства клеток.
При других подходах, которые анализируют ДНК отдельных клеток, этот процесс является трудоемким, требуя недели для обработки всего нескольких клеток и требуя ресурсов, которых нет в большинстве лабораторий.
Для этого исследования исследователи использовали новую методику, называемую «профилирование числа копий в одной ячейке». разработанный 10X Genomics с новыми методами анализа, которые объединили эти результаты с результатами исторических методов.
«Вместо того, чтобы анализировать тканевую ДНК, которая составляет в среднем тысячи клеток, мы проанализировали индивидуальную ДНК из почти 1500 клеток в одном эксперименте», — сказал д-р Энрике Веласкес-Вильярреал, ведущий автор и доцент кафедры трансляционной геномики в школе Keck. медицины в ОСК. «Изучая рак в этом более высоком разрешении, мы можем обнаружить информацию, которую пропускает массовое секвенирование в более низком разрешении».[:]